Viulunsoiton opinnot nelivuotiaana aloittanut Jukka Merjanen opiskeli sekä Edsbergin musiikki-instituutissa Tukholmassa että Sibelius-Akatemiassa, josta hän valmistui musiikin maisteriksi vuonna 2001. Hän on jo uransa alkuvaiheista lähtien toiminut menestyksekkäästi sekä orkesterimuusikona että solistina ja kamrimuusikkona.
Ensimmäisen orkesterikiinnityksensä hän sai vuonna 1998 lähtien Helsingin kaupunginorkesteriin. Vierailevan ensimmäisen konserttimestarin tehtäviä hän on hoitanut useissa orkestereissa. Vuosina 2004-2007 Merjanen työskenteli Lontoon Royal Philharmonic Orchestran toisena konserttimestarina (Associate Leader). Suomeen hän palasi 2008 ensimmäisen vuorottelevan konserttimestarin tehtävään Turun Filharmoniseen orkesteriin.
Vuodesta 2012 lähtien Jukka Merjanen on toiminut Suomen Kansallisoopperan orkesterin ensimmäisenä konserttimestarina. Hän on myös vuonna 2014 perustamansa Kaakon Kamarimusiikki -festivaalin taiteellinen johtaja. Hän kuului Kuopion viulukilpailun tuomaristoon vuonna 2020.
